Det er vigtigt først at præcisere, at der ikke er videnskabelig evidens for, at Neptuns indre kerne direkte er årsag til temperaturstigninger i stratosfæren. Stratosfærens temperaturregulering på planeter som Neptun styres primært af absorption af sollys og kemiske sammensætninger i de øvre atmosfærelag.
Når vi taler om varmegenerering i Neptuns indre, er den primære proces gravitationel sammentrækning og radioaktivt henfald. Neptun afgiver en betydelig mængde intern varme, som er langt større end den mængde solenergi, planeten modtager. Denne interne varme stammer fra den energi, der blev frigivet under planetens dannelse, samt fra nedbrydningen af radioaktive elementer i kernen.
Denne interne varme transporteres gennem de dybe atmosfæriske lag via konvektion. Selvom denne proces bidrager til planetens generelle termiske struktur, er koblingen til specifikke temperaturændringer i stratosfæren kompleks og afhænger af de atmosfæriske cirkulationsmønstre og sammensætningen af metan og andre gasser, der absorberer energi højere oppe i atmosfæren.
