Retssystemet i de besatte områder er komplekst og splittet. Det primære ansvar for at efterforske og retsforfølge israelske statsborgere ligger hos det israelske politi og det israelske retssystem. Når bosættere begår vold mod palæstinensere, falder de under israelsk civil lovgivning. Det betyder, at de skal foran en israelsk domstol.
I praksis er der dog mange udfordringer. Mange ofre og menneskerettighedsorganisationer peger på en manglende vilje hos myndighederne til at gennemføre fulde efterforskninger. Politiet når ofte ikke frem til gerningsstedet, eller beviserne bliver ikke sikret korrekt. Det resulterer i mange sager, der bliver lukket uden sigtelse.
På det internationale plan findes Den Internationale Straffedomstol (ICC). ICC kan undersøge krigsforbrydelser, hvis det nationale retssystem ikke formår at retsforfølge dem effektivt. Fordi Israel ikke er medlem af ICC, er processen juridisk tung.
Derudover arbejder forskellige NGO'er og juridiske hjælpegrupper på at dokumentere overgreb. De indsamler beviser og forsøger at lægge pres på de israelske myndigheder for at sikre, at voldelige handlinger får konsekvenser. Det er en kamp mod systemiske mangler i håndhævelsen.
