Et fald i flagermusepopulationerne vil få mærkbare konsekvenser for den biologiske balance i Danmark. Flagermus spiller en afgørende rolle som naturlige skadedyrsbekæmpere, da de hver nat indtager enorme mængder insekter. Hvis deres antal falder, vil der ske en ubalance i de naturlige fødekæder.
En direkte konsekvens er en stigning i populationerne af skadevoldende insekter. Mange af de insekter, som flagermus lever af, er de samme typer, som kan skade landbruget eller ødelægge haveanlæg og skovbrug. Uden flagermusernes naturlige regulering kan landmænd og gartnere opleve et øget behov for pesticider for at kontrollere insektangreb, hvilket skaber en ond cirkel for biodiversiteten.
Dertil kommer den bredere økologiske betydning. Flagermus fungerer som indikatorarter for miljøets sundhed. Når deres levesteder forsvinder, eller klimaet ændrer sig drastisk, sender det et signal om generel sårbarhed i økosystemet. Et tab af flagermus vil derfor ikke kun føre til flere skadedyr, men også er et tegn på en generelt svækket naturbalance, som kan påvirke andre arter og de økosystemtjenester, vi mennesker er afhængige af.
