Det tager typisk mellem 12 og 18 minutter at koge quinoa på et komfur, når først vandet har nået kogepunktet. Den samlede tid fra du tænder for blusset, til quinoaen er færdig, vil ofte ligge på omkring 20 minutter, da den kræver en kort hvileperiode efter kogningen.
For at opnå det bedste resultat anbefales det at bruge et forhold på 1 del quinoa til 2 dele vand eller bouillon. Det er vigtigt først at skylle quinoaen grundigt i en finmasket si under koldt vand i 30 til 60 sekunder. Dette fjernes de bitre saponiner, som findes naturligt på frøene. Når vandet koger, tilsættes quinoaen, hvorefter den skal simre under låg ved svag varme i ca. 15 minutter, indtil al væsken er absorberet.
Efter kogningen bør du lade quinoaen hvile under låg i 5 minutter. Afslut med at røre forsigtigt rundt med en gaffel for at gøre den luftig. Vær opmærksom på, at kogetiden kan variere en smule afhængigt af, om du bruger hvid, rød eller sort quinoa, samt om du bruger en trykkoger eller en almindelig gryde. Undervirket quinoa kan føles hård, mens overkogt quinoa bliver meget blød og klistret.