Selvom spildevand er blevet filtreret, kan de langsigtede effekter på det marine økosystem variere afhængigt af vandets sammensætning. En af de primære bekymringer er tilførslen af næringssalte som kvælstof og fosfor. Selvom mængderne er reduceret gennem filtrering, kan en vedvarende tilførsel over tid føre til eutrofiering, hvilket er en proces, hvor algevæksten øges markant.
Når algerne dør og synker til bunden, nedbrydes de af bakterier. Denne proces forbruger ilt i vandet, hvilket kan skabe iltfrie forhold på havbunden. Manglen på ilt er kritisk for fisk, krebsdyr og andre bunddyr, der er afhængige af iltrige miljøer for at overleve.
Derudover skal man være opmærksom på koncentrationen af miljøfremmede stoffer, som filtreringsprocesser ikke altid kan fjerne fuldstændigt. Disse stoffer kan ophobes i fødekæden gennem bioakkumulering, hvilket kan påvirke reproduktion og sundhed hos marine organismer på lang sigt. Overvågning af vandkvaliteten er derfor essentielt for at sikre et sundt og balanceret havmiljø.
