De massive hvide skyer, som Voyager 2 observerede under sin passage af Neptun, spiller en central rolle for planetens dynamik. Disse skyer består primært af metanisk is og findes i de øvre lag af atmosfæren. Skyernes tilstedeværelse indikerer en meget aktiv atmosfære med kraftige vertikale bevægelser, der transporterer materiale opad.
Når disse skyer dannes, påvirker de de overordnede vindmønstre ved at skabe lokale trykændringer. Dette kan føre til dannelsen af kraftige jetstrømme og komplekse stormsystemer, som man så ved de mørke pletter på planeten. Skyerne fungerer også som en vigtig faktor for den termiske struktur. Ved at absorbere og reflektere sollys på forskellige måder bidrager de til den energioverførsel, der driver de ekstreme temperaturforskelle i atmosfærens forskellige lag.
Samlet set skaber de hvide skyer et dynamisk miljø, hvor interaktionen mellem kemiske processer, stråling og vind skaber de unikke vejrsystemer, vi ser på Neptun. Denne viden er afgørende for at forstå de gaskæmper, der findes i vores solsystem.
