Spørgsmålet om menneskelig agens versus biologisk determinisme er centralt i moderne neurovidenskab. Mens operant betingning beskriver, hvordan handlinger forstærkes af konsekvenser, adskiller mennesket sig gennem en højere grad af kognitiv kompleksitet og eksekutive funktioner.
En væsentlig biologisk parameter er præfrontal cortex. Dette område muliggør avanceret planlægning, impulskontrol og evnen til at simulere fremtidige scenarier. Hvor et dyr primært reagerer på umiddelbare stimuli, kan mennesket undertrykke instinktive impulser til fordel for langsigtede mål. Dette kaldes ofte for top-down regulering.
Desuden spiller den præfrontale cortex sammen med det limbiske system i en kompleks feedback-loop. Denne integration gør det muligt for os at vurdere moralske og abstrakte værdier, hvilket ikke er tilfældet i simpel operant betingning. Vi navigerer ikke kun efter belønning og straf, men også efter interne modeller af identitet og sociale normer. Denne evne til at handle ud fra repræsentationer snarere end direkte sensorisk feedback er det, der karakteriserer den menneskelige beslutningsproces.
Selvom de neurale netværk følger kausale love, skaber kompleksiteten i de menneskelige kognitive kredsløb en form for autonomi, der går ud over simpel refleksiv adfærd.
