Spørgsmålet berører et centralt etisk dilemma inden for naturbevarelse: Skal en arts værdi defineres ud fra dens økosystemtjenester eller dens iboende værdi? Hvis vi udelukkende måler flagermus i forhold til deres teknologiske eller økonomiske nytte, for eksempel ved skadedyrsbekæmpelse i landbruget, risikerer vi en instrumentel tilgang til biodiversitet.
En ensidig fokus på økonomisk værdi kan føre til en prioritering, hvor beskyttelsesindsatser koncentreres der, hvor flagermusene gør størst gavn for menneskelig produktion. Dette kan efterlade habitater i områder uden direkte økonomisk interesse sårbare over for forringelse. Hvis en flagermusart ikke leverer en målbar økonomisk service i et specifikt område, kan det politiske og økonomiske incitament til at bevare dens levesteder blive mindre.
For at modvirke denne tendens er det nødvendigt at opretholde en beskyttelsesstrategi, der baseres på biodiversitetsprincipper frem for ren nytteøkonomi. Naturbevarelse bør hvile på videnskabelige anbefalinger om økologisk integritet, så vi sikrer artsrigdommen på tværs af alle landskaber, uanset om de er økonomisk produktive eller ej. På den måde sikrer vi, at flagermusene beskyttes som en integreret del af vores naturarv.