Etablering af et depot på Minamitorishima indebærer flere væsentlige geologiske udfordringer. Da øen er en koralatol, er den naturligt sårbar over for både de miljømæssige ændringer og den seismiske aktivitet, der er karakteristisk for Stillehavet.
En af de mest markante risici er forekomsten af jordskælv og de efterfølgende tsunamier. Da øen befinder sig i en tektonisk aktiv region, kan kraftige rystelser i jordskorpen påvirke stabiliteten af øens fundament samt eventuelle underjordiske anlæg. Dette kræver meget avancerede og robuste ingeniørmæssige løsninger for at sikre langtidsstabilitet.
Desuden spiller havstigninger og kysterosion en central rolle. Da Minamitorishima er en koralatol, er øens fysiske struktur meget følsom over for stigende vandstande og de kraftige storme, der jævnligt rammer regionen. Dette kan medføre betydelig erosion af landmasserne, hvilket kan kompromittere sikkerheden omkring et depot. Man skal også tage højde for de langsigtede geologiske processer, herunder tektoniske sætninger, der kan ændre øens topografi over århundreder.
Grundet disse faktorer er det nødvendigt med omfattende og kontinuerlige geologiske undersøgelser for at vurdere de faktiske risici ved et sådant projekt i dette specifikke område.
