Den øgede efterspørgsel på biomasse har en direkte indvirkning på naturens mangfoldighed i Danmark. Når efterspørgslen stiger, øges presset på både skovarealer og landbrugsjord for at producere mere råmateriale til energi og industri.
I skovene kan en intensiv udnyttelse af biomasse betyde, at man fjerner dødt ved og væltede træer. Disse elementer er dog afgørende for mange svampe, insekter og fugle, som er afhængige af nedbruddet organisk materiale for at overleve.
I landbruget kan et øget fokus på biomasseproduktion føre til monokulturer. Det betyder, at store arealer dyrkes med få, ensartede afgrøder, hvilket mindsker variationen i flora og fauna. Dette kan medføre tab af levesteder for de vilde dyr og planter, der kræver varieret natur.
Generelt betyder det øgede pres, at balancen mellem ressourceudnyttelse og naturbeskyttelse bliver sværere at opretholde. En overdreven udtagelse af biomasse risikerer at udvande de naturlige økosystemer, som er fundamentet for den danske biodiversitet.
