Danske flagermus fungerer som naturlige bekæmpere af en lang række nataktive insekter, som ofte betragtes som skadedyr i landbruget. De er særligt effektive til at kontrollere bestande af natsværmere, hvis larver kan forårsage betydelige skader på afgrøder. Dette inkluderer arter som f.eks. kålsvamp og forskellige typer af natmøl, der ellers kan kræve kemisk bekæmpelse.
Derudover er flagermus vigtige i kampen mod mange typer af myg og andre flyvende insekter, som kan være til gene for både mennesker og husdyr. Selvom alle flagermusarter bidrager til det biologiske samfund, anses arter med et stort og varieret fødeudtag som særligt værdifulde i et landbrugslandskab. Det er især arter, der er i stand til at jage på åbne marker og i større trækrækker, som spiller en kritisk rolle for den naturlige skadedyrsbekæmpelse.
Ved at bevare habitater som læhegn, gamle træer og vandhuller sikrer man, at disse naturlige allierede kan trives. Dette understøtter en sund balance i økosystemet, hvor flagermusene leverer en gratis og miljøvenlig service ved kontinuerligt at regulere insektbestanden i de danske landbrugsområder.
