Forskellen i behandlingen afhænger fundamentalt af traumets karakter. Ved klassisk PTSD, som ofte skyldes en enkeltstående begivenhed, fokuserer terapien typisk hurtigt på at bearbejde det specifikke traumeminde og reducere de direkte symptomer som flashbacks og undgåelsesadfærd gennem metoder som eksponeringsterapi.
Ved kompleks PTSD, hvor traumerne er gentagne og langvarige, er behandlingsforløbet ofte mere omfattende. Da de gentagne overgreb kan have skadet personens grundlæggende selvforståelse og evne til at regulere følelser, kræver det en længerevarende proces. Behandlingen fokuserer derfor her i højere grad på at genopbygge følelsesmæssig regulering og relateret stabilitet, før man kan påbegynde den egentlige bearbejdning af de traumatiske minder.
Hvor PTSD-behandling ofte er rettet mod hændelsen, er behandlingen af kompleks PTSD rettet mod at helbrende den måde, hvorpå traumet har påvirket personens personlighed og relationer til andre. Man arbejder med mere komplekse psykologiske mekanismer som identitetsforstyrrelser og dyb usikkerhed. Processen er derfor ofte delt op i faser: først stabilisering af hverdagen, dernæst bearbejdning af minder, og til sidst integration af de nye erfaringer i livet.
