Integration af somatiske metoder som Somatic Experiencing i behandlingen af seksuelle traumer hos kvinder medfører en række komplekse kliniske udfordringer. En væsentlig udfordring er risikoen for retraumatisering, da fokus på kropslige fornemmelser kan aktivere fastlåste overlevelsesresponser eller flashbacks, hvis klienten ikke er tilstrækkeligt reguleret.
Der opstår ofte udfordringer omkring etablering af tryghed og kropslig grænsesætning. Da seksuelle traumer er knyttet til overtrædelser af kropslige grænser, kan selve det at rette opmærksomheden mod kroppen føles truende eller invaderende. Dette kræver en ekstremt sensitiv tilgang til klientens behov for kontrol og autonomi i terapilokalet.
Desuden kan der opstå terapeutisk modoverføring, hvor terapeuten skal navigere i stærke følelser af magtesløshed eller et behov for at beskytte klienten. Samarbejdet kræver en præcis balance mellem at lade klienten mærke kropslige sensationer og samtidig sikre, at de ikke bliver overvældende. Det kræver kontinuerlig monitorering af klientens vindue for tolerance (window of tolerance) for at undgå dissociation eller hyperarousal under de somatiske øvelser.
