Merkurs overfladetemperatur styres primært af planetens manglende atmosfære, som gør, at den ikke kan holde på varmen. Men planetens indre spiller en vigtig rolle. Merkur har en usædvanlig stor jernkerne i forhold til sin samlede størrelse. Denne store kerne betyder, at planeten har en betydelig termisk energi lagret indeni.
Den indre varme fra kernen modvirker de ekstreme temperatursvingninger ved at bidrage til en jævnere varmestrøm mod overfladen. Selvom kernen er stor, er Merkurs samlede størrelse lille, hvilket betyder, at planeten hurtigere afgiver sin indre varme til rummet end større planeter som Jorden. Dette er med til at bestemme, hvor hurtigt overfladen køles ned i nattetimerne.
Desuden er kernens størrelse og sammensætning med til at drive geologisk aktivitet. Denne aktivitet kan skabe små variationer i overfladens struktur, hvilket på sigt kan påvirke, hvordan varmen ledes ud fra planetens indre. Samlet set fungerer kernen som et termisk reservoir, der forsøger at stabilisere temperaturen, selvom de ydre faktorer som solens stråling og manglen på atmosfære dominerer det daglige temperaturbillede.
