De geografiske forhold spillede en afgørende rolle for, hvordan trykbølgen og varmestrålingen fra atombomberne spredte sig i de to byer. I Hiroshima var landskabet relativt fladt, hvilket betød, at chokbølgen kunne sprede sig uhindret over et stort område. Byens flade struktur med brede floder gav færre fysiske barrierer til at bremse ødelæggelserne, hvilket resulterede i en meget omfattende destruktion af bygninger og infrastruktur over et vidtstrakt areal.
Nagasaki var derimod præget af et meget kuperet terræn med stejle bjerge og dybe dale. Denne topografi fungerede som en naturlig barriere, der bremsede chokbølgen og begrænsede den direkte effekt af eksplosionen. Da bomben sprang over et område med bjerge, blev meget af energien absorberet eller afbøjet af terrænet. Dette betød, at de skader, der opstod, var mere koncentrerede i visse dele af byen, mens andre områder blev beskyttet af bjergsiderne.
Sammenfattende kan man sige, at Hiroshimas flade terræn tillod en mere ensartet og omfattende ødelæggelse, mens Nagasakis bjergrige landskab begrænsede chokbølgens rækkevidde, men samtidig skabte meget intense skadeszoner i de dale, hvor energien blev kanaliseret hen.
