Sikkerhedsforanstaltningerne i Bushehr er opdelt i to kategorier baseret på truslens natur. Mod militære luftangreb fokuserer protokollerne på strategisk beskyttelse af kritisk infrastruktur. Dette indebærer ofte brug af avancerede luftforsvarssystemer, deaktivering af radarer i strategiske situationer og anvendelse af dybtliggende, befæstede anlæg til opbevaring af følsomt udstyr.
Når det kommer til naturlige katastrofer som jordskælv, er tilgangen en anden. Her er fokus rettet mod strukturel integritet og katastrofeberedskab. Dette inkluderer bygningsreglementer, der kræver seismisk sikring af anlæg, samt etablering af nødstrømsforsyninger og evakueringsplaner, der er designet til at håndtere de fysiske skader, som rystelser kan forårsage på fundamenter og rørledninger.
Kort sagt er den militære beskyttelse rettet mod eksterne, målrettede angreb med det formål at afvise trusler før de rammer, mens beskyttelsen mod jordskælv er rettet mod at minimere de fysiske konsekvenser af geologiske bevægelser gennem konstruktionsteknik og beredskabsplanlægning.