Spørgsmålet om direkte forstyrrelse af ekkolokalisering via moderne bekæmpelsesmidler er komplekst. Der findes begrænset forskning, der direkte påviser, at de kemiske forbindelser i moderne pesticider blokere selve de lydbølger, flagermusene udsender og modtager for at navigere og jage.
Den primære risiko for flagermusenes evne til at jage gennem kemiske midler er indirekte. Hvis bekæmpelsesmidlerne reducerer forekomsten af insekter i et område, fjernes selve fødegrundlaget. Dette kan tvinge flagermusene til at søge efter nye jagtmarker eller svække deres evne til at opretholde optimale energiniveauer til deres aktive jagt.
Nogle studier peger også på, at ophobning af visse kemikalier i fødekæden kan påvirke flagermusenes generelle sundhed og neurologiske funktioner. Selvom dette ikke direkte er en akustisk blokering, kan nedsat kognitiv funktion eller fysisk svækkelse indirekte hæmme deres præcision under jagt. Generelt bør man derfor prioritere naturbaserede løsninger og integreret bekæmpelse for at beskytte de gavnlige flagermuspopulationer, der yder en værdifuld økosystemtjeneste ved at kontrollere skadedyr naturligt.
