Flagermus spiller en uundværlig rolle i økosystemer verden over som specialiserede bestøvere. Mens bier ofte får mest opmærksomhed, udfører flagermus en kritisk opgave ved at bestøve en lang række planter, som andre dyr ikke kan nå eller er specialiserede i.
Flagermus er især vigtige for bestøvning af natblomstrende planter. Mange af disse planter har udviklet specifikke træk, såsom store, blege eller hvide blomster med en stærk duft, der er optimeret til at tiltrække flagermus i mørket. Gennem denne proces flytter flagermus pollen fra den ene blomst til den næste, hvilket muliggør befrugtning og dannelsen af frø og frugter.
Dette bidrag har en enorm betydning for den biologiske mangfoldighed og for menneskers fødevareforsyning. Flere vigtige afgrøder, herunder visse typer frugt og nødder, er afhængige af flagermus for at kunne producere afgrøder af høj kvalitet. Uden flagermus ville mange plantesorter uddø, og balancen i de naturlige habitater ville blive alvorligt forstyrret. Beskyttelse af flagermusens levesteder er derfor essentielt for at opretholde en sund natur og sikre fremtidens landbrug.
