Etableringen af permanent deponering på Minamitorishima er behæftet med betydelige udfordringer, som primært kan opdeles i tekniske og miljømæssige barrierer. Øens ekstremt isolerede beliggenhed i Stillehavet gør logistikken omkring transport af affald og specialudstyr ekstremt kostbar og kompleks. Der er begrænset adgang til de nødvendige maskiner og materialer, som kræves for at bygge sikre deponianlæg i et tropisk miljø.
Miljømæssigt udgør øens økologiske sårbarhed en stor risiko. Minamitorishima er et vigtigt habitat for mange marine arter, og enhver form for lækage fra et deponi kunne have katastrofale følger for det lokale økosystem. Den høje luftfugtighed og risikoen for ekstreme vejrforhold som tyfoner øger sandsynligheden for erosion og strukturelle skader på deponeringsanlægget. Dette kræver ekstremt avancerede og dyre sikringsteknikker for at forhindre, at giftige stoffer siver ud i det omkringliggende hav.
Samlet set betyder kombinationen af de logistiske begrænsninger og det store ansvar for at beskytte det følsomme havmiljø, at det er teknisk svært og økonomisk uoverkommeligt at etablere en sikker løsning på øen.
