Flagermus spiller en vigtig rolle som naturlige skadedyrsbekæmpere ved at kontrollere populationerne af forskellige insektarter, herunder møllarver. Ved at jage og spise de larver, der ellers ville ødelægge eller beskadige forskellige afgrøder, fungerer flagermus som en effektiv biologisk kontrolmekanisme i landbrugsøkosystemer.
Forskning viser, at insektædende flagermus kan reducere skadedyrsarter betydeligt, selv når disse kun udgør omkring 50 procent af deres kost. For eksempel har predation fra Pipistrellus pygmaeus haft en væsentlig indvirkning på populationerne af risborer-møllet Chilo supressalis.
Derudover hjælper insektædende flagermus med at kontrollere skadedyrspopulationer i landbrugsområder og giver beskyttelse til træafgrøder som æbleplantager mod skadedyr såsom kodlingmøllet. Flagermus jager naturligt en række insekter, herunder myg, biller, møl, fluer og gnatter.
