Den kemiske sammensætning af Neptun spiller en afgørende rolle for planetens indre struktur og termodynamiske dynamik. Da Neptun er en isgigant, består dens indre primært af en tyk, varm væske bestående af vand, ammoniak og metan. Disse stoffer fungerer ikke som simple gasser, men danner en kompleks, superkritisk væske under det enorme tryk, der findes dybt inde i planeten.
Metan spiller en central rolle, da det kan dekomponere under ekstremt tryk og høje temperaturer. Dette kan føre til dannelsen af diamanter, som synker dybere ind i planetens indre. Denne proces frigiver potentiel energi, som bidrager til planetens interne varme. Vand og ammoniak påvirker desuden væskens viskositet og ledningsevne. En høj koncentration af ioniseret vand og ammoniak gør den indre væske elektrisk ledende, hvilket er essentielt for genereringen af planetens magnetfelt.
Samlet set skaber disse kemiske komponenter en kompleks termodynamisk tilstand, hvor konvektion og faseovergange driver varmetransporten fra kernen mod atmosfæren. Dette forklarer, hvorfor Neptun udviser en betydelig intern varmeproduktion, som er vigtig for at forstå planetens langsigtede evolution og dens atmosfæriske dynamik.