Flagermus spiller en afgørende rolle i skovens genopretning og opretholdelse af biodiversitet gennem to primære funktioner: bestøvning og frøspredning. Mange flagermusarter fungerer som vigtige bestøvere, når de søger føde om natten. Når de flyver fra blomst til blomst for at drikke nektar, overfører de pollen, hvilket muliggør befrugtning og dermed produktion af nye frø.
Udover bestøvning er flagermus effektive frøspredere. Når de spiser frugt eller nektar, indtager de også frø, som efterfølgende udskilles gennem ekskrementer på nye lokationer. Dette hjælper træer og planter med at sprede sig til områder, hvor de før ikke har vokset, hvilket er essentielt for at genopbygge ødelagte skovområder.
Ved at fremme væksten af forskellige plantearter sikrer flagermus en varieret skovstruktur. En varieret skov er mere modstandsdygtig over for sygdomme og klimaforandringer, hvilket skaber et stabilt habitat for utallige andre arter. Uden flagermus ville mange skovøkosystemer miste deres evne til at regenerere sig selv naturligt.
