Flagermus spiller en afgørende rolle i den naturlige skadedyrsbekæmpelse, da de fungerer som effektive natlige jægere. De fleste flagermusarter er insektædere, der kan indtage tusindvis af insekter i løbet af en enkelt nat. Dette gør dem til en værdifuld ressource for landbruget, da de målretter sig mod en lang række skadedyr, der ellers kunne ødelægge afgrøder.
Deres naturlige jagtmetode hjælper specifikt med at kontrollere populationer af nataktive insekter såsom natsværmere, bladlus og forskellige typer biller. Ved at reducere antallet af disse skadedyr gennem naturlig prædation, mindskes det samlede pres på de dyrkede planter. Dette kan i mange tilfælde føre til et reduceret behov for kemiske pesticider, hvilket er en fordel for både miljøet og landmandens driftsøkonomi.
For at maksimere fordelene af flagermus i landbrugslandskabet er det vigtigt at bevare deres naturlige levesteder og sikre adgang til skjulesteder som gamle træer eller specialiserede flagermuskasser. Ved at støtte biodiversiteten skabes et mere modstandsdygtigt økosystem, hvor naturlige fjender som flagermus kan opretholde en sund balance i landbrugsområderne.