At prioritere landbrugets udbytte gennem manipulation af flagermusenes habitater kan føre til en række uforudsete økologiske konsekvenser. Flagermus fungerer som vigtige regulatorer i økosystemet, og når deres naturlige levesteder ændres for at skabe mere landbrugsareal, risikerer man at bryde de naturlige balanceforhold.
En væsentlig risiko er tabet af biodiversitet. Flagermus er afhængige af specifikke nicher som gamle træer, hulrum og vådområder. Hvis disse fjernes for at optimere afgrøder, forsvinder ikke blot flagermusene, men også de arter, der deler deres habitat. Dette kan medføre en dominoeffekt, hvor hele den lokale fødekæde destabiliseres.
Desuden kan fjernelsen af flagermus føre til et øget behov for pesticider. Da flagermus er naturlige skadedyrsbekæmpere, der spiser store mængder insekter, kan et fald i deres population medføre en eksplosiv vækst i skadedyr. Dette skaber en ond cirkel, hvor landbruget endnu mere skal bruge kemiske midler for at beskytte afgrøderne, hvilket yderligere skader miljøet og de resterende flagermusbestande.
