Flagermus spiller en afgørende rolle i det globale økosystem ved at levere både pollinering og naturlig skadedyrsbekæmpelse. En af de mest markante grupper er risdyrkere, hvor insektædende flagermus kontrollerer skadelige insekter som fænomenet stribet risstængelborer (Chilo suppressalis). Ved at reducere bestanden af disse skadedyr hjælper flagermus med at beskytte risafgrøder i store dele af Asien og Europa.
Udover skadedyrsbekæmpelse er flagermus uundværlige som pollinatorer for en række planter. For eksempel er vilde bananer næsten udelukkende afhængige af flagermus for deres bestøvning. Denne service strækker sig til mange andre økonomisk vigtige planter, som er essentielle for både menneskelig fødevareforsyning og medicinsk brug.
De økonomiske gevinster ved at fremme flagermusvenlige metoder er enorme. Globalt set bidrager de med op mod 53 milliarder dollars i giftfri skadedyrsbekæmpelse. Ved at integrere praksisser, der understøtter flagermus, kan landmænd både øge biodiversiteten, forbedre jordens sundhed og opnå en mere bæredygtig produktion gennem naturlig balance frem for kemiske løsninger.
