De ekstremt kraftige vindsystemer på Neptun, som kan nå hastigheder på over 2000 kilometer i timen, drives af komplekse atmosfæriske mekanismer. Den primære driver bag disse storme er ikke sollys, men derimod planetens interne varme. Neptun udsender en betydelig mængde varmeenergi fra sit indre, som er langt højere end den mængde energi, den modtager fra Solen i sin fjerne bane.
Denne interne varmestrøm skaber kraftige konvektionsstrømme i planetens dybe atmosfære. Når varmen stiger opad, skaber det en dynamisk proces, hvor energien transporteres fra planetens indre mod de øvre atmosfærelag. Dette skaber store temperaturforskelle og ustabile atmosfæriske forhold, som i kombination med planetens rotation genererer de voldsomme jetstrømme og storme, vi observerer.
Fordi Neptun er så langt fra Solen, er solstrålingen ekstremt svag og kan ikke opretholde et komplekst vejrsystem alene. Det er derfor den indre varme, der fungerer som den essentielle motor. Denne termiske energi sikrer, at de atmosfæriske cirkulationsmønstre forbliver aktive og ekstremt energiske over meget lang tid, selv i det kolde ydre solsystem.
