Flagermus fungerer som et naturligt og effektivt middel til biologisk skadedyrsbekæmpelse, da de fortærer enorme mængder insekter hver nat. Afgrøder, der er særligt udsat for nataktive skadedyr, drager derfor størst nytte af deres tilstedeværelse. Dette inkluderer primært kornsorter som majs, hvede og ris, hvor nataktive insekter kan forårsage betydelige tab.
Frugt- og bærproduktion er ligeledes områder, hvor flagermus spiller en afgørende rolle. De hjælper med at regulere bestanden af nataktive insekter, der ellers ville angribe frugten og reducere udbyttet. Herunder er også vinmarker, hvor kontrollen af skadedyr er essentiel for vinens kvalitet. Ved at integrere flagermus i det økologiske kredsløb kan landmænd reducere behovet for kemiske pesticider markant.
Samlet set er det afgrøder med et højt indhold af nataktive skadedyr, der oplever den største økonomiske og biologiske gevinst ved at fremme flagermusens naturlige forekomst i landbrugslandskabet. En sund bestand af flagermus bidrager direkte til et mere stabilt og miljøvenligt landbrugsekosystem.
